目前，软科学的基础理论主要建立在系统学和复杂性研究的有关结论上，并随着有关理论的进展而不断深化和发展。在软科学研究中，需要广泛应用自然科学、工程技术以及政治、经济、社会和管理等社会科学领域的各种理论。软科学的方法体系主要包括研究程序、研究方法及研究工具三大方面。

 

　　1、软科学研究的程序

 

　　软科学研究程序取决于研究对象的特点及所要求的研究深度，大体上可归纳为以下五个步骤：

(1) 目标分析与总体框架的建立；(2) 现状分析及预测；(3) 建立模型；(4) 方案选择；(5)提出建议。

 

　　2、软科学研究的方法

 

　　软科学研究通常采用定性与定量相结合的综合集成方法。在运用综合集成方法时应当努力做到三个结合，即：(1)软科学专家与领域专家及决策者的结合，不仅是在一起工作，还要相互了解、相互尊重。领域专家一定要树立总体观念，不能只顾追求自己领域内的局部最优。决策都应当向软科学专家提出问题，并尽量参加总体框架的制定及方案选择的讨论，还要在研究过程中经常与软科学专家及领域专家交换意见；(2)定性分析与定量分析相结合，通过定性分析建立系统总体及各子系统的概念模型，并尽可能将它们转化为数学模型，经求解或模拟后得出定量的结论，再对这些结论进行定性分析，以取得认识上的飞跃，形成解决问题的建议；(3)经验决策与计算机辅助决策相结合，要注意发挥专家群体的作用，包括请他们参加总体设计的评审、分析统计数据及案例研究的结果、预测未来、收集并整理他们的知识以建立专家系统、以及请他们评论计算机运算的结果、参与方案选择的讨论等。

 

　　3、软科学研究的工具

 

　　软科学研究的工具包括数学工具、计算机辅助决策工具及政策模拟工具等。近年来，趋向于建立数据库、模型库、知识库、方法库，对用户友好的人机界面的决策支持系统(DSS) ，以及能及时吸收各方面专家意见的群体决策支持系统(GDSS)。此外，还提出了建立政策实验室的设想。